Spis treści 6 sekcji

W Fakturowni wystawisz fakturę po wpisaniu danych sprzedawcy, nabywcy i sprzedaży oraz zapisaniu dokumentu.
Integrację z KSeF, czyli Krajowym Systemem e-Faktur, włączysz i autoryzujesz w ustawieniach konta.1 Ten poradnik prowadzi przez wystawianie, poprawianie i wysyłanie faktur. Omawia też typowe problemy podczas pracy z programem2.

Dobierz program

Propozycje dopasowane do Twojej firmy · Jeden formularz zamiast wielu zapytań

Bezpłatna pomoc

Jak wystawić fakturę w Fakturowni i wysłać ją klientowi?

Rodzaj dokumentu w Fakturowni zależy od rozliczenia. Wybierz zwykłą fakturę sprzedaży albo fakturę zaliczkową, jeśli klient wpłacił przedpłatę.
Zgodnie z instrukcją Fakturowni fakturę zaliczkową po otrzymaniu wpłaty wystawia się najpóźniej 15. dnia następnego miesiąca.3,4

Fakturownia może automatycznie wystawić fakturę VAT po opłaceniu proformy przez Szybki Przelew. Trzeba wcześniej wybrać ten typ dokumentu w ustawieniach płatności. Program wyśle klientowi e-mailem fakturę oznaczoną jako opłacona.5
Automatyczne wystawienie następuje dopiero po pełnym opłaceniu proformy, czyli po wpłacie 100% jej kwoty5.

Kiedy wystawić fakturę zaliczkową?

Fakturę zaliczkową wystawia się, gdy firma otrzyma przedpłatę przed dostawą towaru lub wykonaniem usługi. Fakturownia dopuszcza też wystawienie dokumentu z wyprzedzeniem nie większym niż 30 dni przed zapłatą. Ustawa pozwala wystawić fakturę nie wcześniej niż 60 dni przed otrzymaniem zapłaty.3,6

Każda z kilku otrzymanych zaliczek wymaga osobnej faktury zaliczkowej. W ten sposób dokument odpowiada konkretnej wpłacie.3
Zgodnie z art. 106i ust. 2 ustawy o VAT fakturę zaliczkową wystawia się najpóźniej 15. dnia miesiąca po otrzymaniu wpłaty7.

Jak rozliczyć zaliczkę i co powinna zawierać faktura zaliczkowa?

Rozliczenie zaliczki zaczyna się od udokumentowania wpłaty. Pozostałą należność wykazuje się później na fakturze końcowej. Faktura zaliczkowa powinna identyfikować strony transakcji, przedmiot zamówienia i otrzymaną kwotę.
Art. 106f ust. 1 ustawy o VAT wymaga podania na niej m.in. otrzymanej kwoty, podatku i danych zamówienia7.

Poniższa lista pokazuje, jak dokumenty łączą się z wpłatami i końcowym rozliczeniem:

  • Faktura zaliczkowa dokumentuje konkretną przedpłatę otrzymaną od klienta.
  • Faktura końcowa rozlicza należność po odjęciu zaliczek. Wskazuje też numery wcześniejszych faktur zaliczkowych.3

Faktura końcowa zamyka rozliczenie i wykazuje kwotę pozostałą do zapłaty.
Art. 106f ust. 3 ustawy o VAT nakazuje pomniejszyć na niej wartość towarów lub usług o otrzymane zaliczki7.

Jak wystawić fakturę zaliczkową i końcową w Fakturowni?

Przed wystawieniem faktury zaliczkowej i końcowej w Fakturowni włącz oba rodzaje dokumentów. Później powiąż końcowe rozliczenie z zaliczką.
W ustawieniach konta, w sekcji „Jakie dokumenty wystawiać”, zaznacz wspólną opcję „Zaliczkowe i Końcowe”6.

Lista prowadzi od ustawień konta do faktury końcowej:

  1. 1Włączenie dokumentów zaliczkowych i końcowych znajdziesz w…
  2. 2Wystawienie faktury zaliczkowej rozpocznij w zakładce Przychody.
  3. 3Wystawienie faktury końcowej rozpocznij w podglądzie istniejącej…
  4. 4Kwota do zapłaty pojawia się na fakturze…
Schemat w skrócie — szczegóły każdego kroku poniżej · Opracowanie: Redakcja ProgramDoFaktur.pl
  • Włączenie dokumentów zaliczkowych i końcowych znajdziesz w ścieżce Ustawienia > Ustawienia konta > Jakie dokumenty wystawić. Wybierz „Zaliczkowe i końcowe”, a następnie zapisz zmianę. Dokumenty pojawią się w zakładce Przychody.3
  • Wystawienie faktury zaliczkowej rozpocznij w zakładce Przychody. Powiąż dokument z zamówieniem, którego dotyczy wpłata.
  • Wystawienie faktury końcowej rozpocznij w podglądzie istniejącej faktury zaliczkowej. Wybierz Więcej opcji > Wystaw końcową.3
  • Kwota do zapłaty pojawia się na fakturze końcowej. Fakturownia odejmuje zaliczkę od należności i pokazuje pozostałą kwotę, gdy zaliczkę powiązano z zamówieniem.3

Powiązanie zaliczki z zamówieniem pozwala wykazać na fakturze końcowej, ile klient ma jeszcze zapłacić.
Fakturownia oblicza tę kwotę, pomniejszając wartość zamówienia o sumę powiązanych faktur zaliczkowych8.

Fakturownia — strona produktu na stronie producenta (zrzut ekranu)
Strona produktu Fakturownia (zrzut ekranu), stan na 10.2026. Źródło: fakturownia.pl

Jak poprawić fakturę w Fakturowni i rozwiązać problemy z jej wystawieniem?

Sposób poprawienia faktury w Fakturowni zależy od tego, czy dokument trafił już do klienta. Przed wysłaniem sprawdź dane w formularzu; później ustal, czy błąd wymaga faktury korygującej.
Nie zastępuj wysłanego dokumentu poprawioną kopią bez ustalenia, jak udokumentować zmianę9.

Dlaczego Fakturownia nie pozwala zapisać lub wystawić faktury?

Fakturownia może odmówić zapisania faktury, jeśli brakuje wymaganych danych albo pole ma nieprawidłowy format. Przeczytaj komunikat przy formularzu i popraw wskazane miejsce.
Sprawdź zwłaszcza sprzedawcę, nabywcę, daty, pozycje sprzedaży i kwoty. Zanotuj treść komunikatu oraz stan faktury przed kolejną próbą, jeśli zapis nadal się nie udaje10.

Co zrobić, gdy Fakturownia nadaje niewłaściwy numer lub datę faktury?

Numer i datę faktury porównaj z danymi formularza oraz przyjętą serią numeracji. Przed wysłaniem sprawdź osobno datę wystawienia i datę sprzedaży, bo opisują różne zdarzenia.
Ustal sposób korekty zamiast zmieniać tylko własną kopię, gdy klient dostał już błędną fakturę. Art. 106j ust. 1 pkt 5 ustawy o VAT przewiduje fakturę korygującą po stwierdzeniu pomyłki w jakiejkolwiek pozycji faktury7.

Co zrobić, gdy faktura wysłana z Fakturowni nie dociera do odbiorcy?

Przy problemie z dostarczeniem faktury zacznij od adresu e-mail nabywcy wpisanego przy dokumencie. Poproś odbiorcę, by potwierdził adres i zajrzał do folderu spamu.
Uzgodnij z klientem inny sposób przekazania faktury, jeśli wiadomość nadal nie dociera. Zachowaj informację o jej dostarczeniu11.

Czy po zaliczce zawsze trzeba wystawić fakturę końcową?

Po otrzymaniu zaliczki nie zawsze trzeba wystawiać fakturę końcową. Przepisy nie wymagają faktury końcowej, jeśli zaliczki pokryły 100% należności. Instrukcja Fakturowni wskazuje jednak konieczność wystawienia faktury końcowej na zero dla użytkowników korzystających z jej funkcji księgowości online.3
Gdy część ceny pozostaje do zapłaty, faktura końcowa rozlicza tę kwotę6.

Tabela zestawia pełne i częściowe pokrycie należności zaliczkami. Pokazuje stan wpłat, pozostałą kwotę i potrzebę wystawienia faktury końcowej. Przy zaliczkach pokrywających 100% należności faktura końcowa co do zasady nie jest wymagana; księgowość Fakturowni wymaga jednak dokumentu zerowego6.

Stan wpłat Pozostała kwota Faktura końcowa
Zaliczki pokryły całą należność Nic do zapłaty Nie jest konieczna
Zaliczki pokryły część należności Część ceny do zapłaty Rozlicza pozostałą należność

O potrzebie wystawienia faktury końcowej decyduje pozostała kwota do zapłaty.
Art. 106f ust. 3 ustawy o VAT przewiduje fakturę po dostawie lub wykonaniu usługi, jeśli wcześniejsze faktury zaliczkowe nie obejmują całej zapłaty7.

Fakturownia i KSeF: testowanie, daty i wybór narzędzia

W Fakturowni przygotowujesz fakturę, a KSeF obsługuje fakturę ustrukturyzowaną.
Według informacji o wdrożeniu KSeF obowiązek jej wystawiania rozpoczął się dla największych podmiotów 1 lutego 2026 r.1 Terminy dla pozostałych firm zależą od grupy, do której należą12.

Tabela zestawia terminy objęcia przedsiębiorców obowiązkiem wystawiania faktur w KSeF oraz warunek dla najmniejszych firm13. Terminy KSeF: 1.02.2026 – sprzedaż powyżej 200 mln zł w 2024 r.; 1.04.2026 – pozostali; 1.01.2027 – sprzedaż do 10 tys. zł brutto miesięcznie14.

  1. Większość przedsiębiorców
  2. Najmniejsze firmy korzystające z okresu przejściowego
  3. Firmy mieszczące się we wskazanym limicie
Oś czasu — daty z tabeli poniżej · Opracowanie: Redakcja ProgramDoFaktur.pl
Grupa przedsiębiorców Termin lub warunek
Większość przedsiębiorców Obowiązek od 1 kwietnia 2026 r.
Najmniejsze firmy korzystające z okresu przejściowego Miesięczna sprzedaż do 10 000 zł brutto; możliwość wystawiania faktur poza KSeF do 31 grudnia 2026 r.
Firmy mieszczące się we wskazanym limicie Obowiązek od 1 stycznia 2027 r.

Dane w tabeli: 1,12,13,15

Jak przetestować wystawianie faktur w DEMO KSeF?

W DEMO KSeF korzystaj z dokumentów próbnych, oddzielonych od faktur dla klientów. Fakturownia udostępnia 30 dni bezpłatnego testowania z dostępem do wszystkich funkcji. Sam okres testowy programu nie oznacza jednak, że dokument trafił do środowiska DEMO KSeF.16,17

Przygotuj próbną fakturę, wybierz środowisko demonstracyjne, spróbuj ją wysłać i odczytaj wynik. Dopiero odpowiedź systemu pokaże, czy dokument przeszedł wybraną ścieżkę.
Status „200” potwierdza poprawne przetworzenie próbnej faktury. System nadaje jej wtedy numer KSeF i udostępnia UPO18.

Czym różni się faktura w KSeF od pliku PDF?

Faktura ustrukturyzowana i plik PDF pełnią różne funkcje:

Forma dokumentu Rola
Faktura w KSeF Dokument ustrukturyzowany. Jego dane mają format przeznaczony do przetwarzania w systemie.
PDF Czytelny obraz faktury. Samo zapisanie lub wysłanie go klientowi nie oznacza wysyłki do KSeF.

Przy obsłudze faktury odróżniaj jej czytelny obraz od danych przekazywanych do systemu.
Według art. 2 pkt 32a ustawy o VAT faktura ustrukturyzowana powstaje przy użyciu KSeF i otrzymuje numer systemowy. Sam PDF nie jest taką fakturą7.

Czy w KSeF można wystawić fakturę z datą wsteczną?

Przy wystawianiu faktury w KSeF odróżnij datę sprzedaży od daty wystawienia. Pierwsza opisuje zdarzenie gospodarcze. Cofnięcie drugiej w formularzu nie zmienia chwili faktycznego przekazania faktury do systemu.
Wpisz właściwą datę sprzedaży, gdy nastąpiła wcześniej. Art. 106na ust. 1 wiąże datę wystawienia faktury online z przesłaniem do KSeF, jeśli data w polu P_1 jest taka sama19.

Aplikacja Podatnika czy Fakturownia: czym wystawiać faktury w KSeF?

Między Aplikacją Podatnika a Fakturownią wybieraj według tego, gdzie firma przygotowuje faktury i jak przekazuje je do KSeF. Tabela pokazuje różnicę w przebiegu pracy:

Narzędzie Sposób pracy Dla kogo
Aplikacja Podatnika Wystawianie bezpośrednio w narzędziu systemowym; nie zastępuje obsługi sprzedaży prowadzonej na koncie Fakturowni. Osoba przygotowująca dokument bezpośrednio w narzędziu systemowym.
Fakturownia Przygotowanie faktury w używanym programie; wysyłka do KSeF wymaga skonfigurowanej integracji. Firma prowadząca dokumenty w Fakturowni i chcąca zachować dotychczasowy sposób pracy.

O wyborze decyduje sposób wystawiania faktur, nie wygląd pliku PDF.

Faktury w KSeF: wysyłka, paragony i korekty

Fakturownia wskazuje, że fakturę wystawioną w trybie offline24 trzeba przesłać do KSeF najpóźniej w 1. dniu roboczym po wystawieniu.1
Tryb offline24 pozwala wystawić dokument bez połączenia. Włącza się go w Ustawieniach KSeF.1,20

Fakturownia umożliwia masową wysyłkę faktur do KSeF. Może też automatycznie pobierać ich numery KSeF oraz UPO, czyli urzędowe poświadczenia odbioru.1
Przy pojedynczym dokumencie sposób wysyłki zależy od ustawienia wysyłki automatycznej na koncie.

Jak wysłać fakturę do KSeF?

Przed wysłaniem faktury z Fakturowni do KSeF uzupełnij dane nabywcy i pozycje sprzedaży, a następnie zapisz dokument.1
Sposób wysyłki dobierz do ustawień konta.

Lista prowadzi od przygotowania faktury do sprawdzenia odpowiedzi KSeF:

  • Dane faktury w Fakturowni obejmują nabywcę i pozycje sprzedaży. Uzupełnij je, po czym zapisz dokument.1
  • Wysyłka ręczna wymaga użycia polecenia „Wyślij do KSeF”. Przy włączonej wysyłce automatycznej wybiera się „Wyślij”.1
  • Wysłaną fakturę Fakturownia przekształca do struktury FA(3). Następnie pobiera z KSeF numer faktury i UPO.1
  • Odrzucona faktura nie otrzymuje numeru KSeF. Popraw błędy wskazane przy odrzuceniu i wyślij dokument ponownie.1

Wysyłka kończy się po sprawdzeniu jej wyniku, a nie po samym kliknięciu przycisku.

Jak KSeF wpływa na fakturę do paragonu i fakturę uproszczoną?

Przy fakturze do paragonu i fakturze uproszczonej rozróżniaj osobny dokument sprzedaży od paragonu z NIP nabywcy. Paragon z NIP uznawany za fakturę uproszczoną korzysta z przejściowego wyłączenia z obowiązku KSeF. Warunkiem jest należność nieprzekraczająca 450 zł.1,12

Lista pomaga zakwalifikować dokument przed wysyłką:

  • Paragon z NIP nabywcy oceń pod kątem warunków faktury uproszczonej i wskazanego limitu.
  • Przejściowe wyłączenie faktur uproszczonych obowiązuje do 31 grudnia 2026 r.1,12
  • Odrębna faktura do paragonu jest osobnym dokumentem. Sam paragon nie potwierdza wysłania tej faktury do KSeF.

O sposobie obsługi decyduje rodzaj wystawionego dokumentu, a nie samo wydanie paragonu.

Źródła

  1. ↑Jak wystawić pierwszą fakturę w KSeF? Poradnik krok po kroku https://fakturownia.pl/krajowy-system-e-faktur/jak-wystawic-pierwsza-fakture-w-ksef
  2. ↑Fakturownia, „Jak szybko wystawić fakturę w Fakturownia?” oraz instrukcja połączenia z KSeF 2.0. ([pomoc.fakturownia.pl](pomoc.fakturownia.pl https://pomoc.fakturownia.pl/200856394-Jak-polaczyc-Fakturownie-z-KSeF-2-0-Uwierzytelnienie-automatyczne-integracji-certyfikaty-generowane-w-KSeF-przez-Fakturownie
  3. ↑Faktura zaliczkowa a faktura końcowa. Kiedy i jak wystawić? https://fakturownia.pl/prowadzeniefirmy/faktura-zaliczkowa-a-faktura-koncowa-kiedy-i-jak-wystawic
  4. ↑ustawa o podatku od towarów i usług, art. 106i ust. 2; ten sam termin podaje instrukcja Fakturowni. ([isap.sejm.gov.pl](isap.sejm.gov.pl https://isap.sejm.gov.pl/isap.nsf/download.xsp/WDU20250000775/T/D20250775L.pdf
  5. ↑Jak automatycznie wystawiać Faktury po opłaceniu Proformy https://pomoc.fakturownia.pl/143823797-jak-automatycznie-wystawiac-faktury-po-oplaceniu-proformy
  6. ↑Fakturownia, „Faktura zaliczkowa i faktura końcowa”; ustawa o VAT, art. 106i ust. 7 pkt 2. ([pomoc.fakturownia.pl](pomoc.fakturownia.pl https://pomoc.fakturownia.pl/108928-faktura-zaliczkowa-i-faktura-koncowa
  7. ↑Dziennik Ustaw — ustawa o podatku od towarów i usług, tekst jednolity z 2026 r https://eli.gov.pl/api/acts/DU/2026/1263/text.pdf
  8. ↑Fakturownia — Jak wystawić fakturę zaliczkową do zamówienia https://pomoc.fakturownia.pl/431820-tworzenie-faktury-zaliczkowej-do-zamowienia
  9. ↑Fakturownia, „Edycja, usuwanie i anulowanie faktur wysłanych do KSeF” oraz „Jak utworzyć korektę do faktury”; Ministerstwo Finansów, pytania i odpowiedzi KSeF. ([pomoc.fakturownia.pl](pomoc.fakturownia.pl https://pomoc.fakturownia.pl/201064444-edycja-usuwanie-i-anulowanie-faktur-wyslanych-do-ksef
  10. ↑Baza wiedzy Fakturowni, „Jak wystawić fakturę kontrahentowi nieposiadającemu NIP-u?”; „Zmiana oznaczenia czasu sprzedaży” https://pomoc.fakturownia.pl/4525442-Jak-wystawic-fakture-Kontrahentowi-nieposiadajacemu-NIP-u
  11. ↑Baza wiedzy Fakturowni, „Statusy wysyłki faktury e-mail – jak je sprawdzić i interpretować” https://pomoc.fakturownia.pl/973643-jak-sprawdzic-czy-faktura-zostala-dostarczona-na-poczte-kontrahenta
  12. ↑Ministerstwo Finansów, „Zakres obowiązkowego KSeF”. ([ksef.podatki.gov.pl](ksef.podatki.gov.pl https://ksef.podatki.gov.pl/informacje-ogolne-ksef-20/zakres-obowiazkowego-ksef/
  13. ↑Ministerstwo Finansów, „Jak uzyskać dostęp do KSeF” https://ksef.podatki.gov.pl/krok-po-kroku-jdg-i-msp/
  14. ↑Ministerstwo Finansów — Zasady obowiązywania KSeF i przepisy prawne https://ksef.podatki.gov.pl/ksef-news/zasady-obowiazywania-ksef-i-przepisy-prawne/
  15. ↑Ministerstwo Finansów, „Poniżej 10 000 zł”. ([ksef.podatki.gov.pl](ksef.podatki.gov.pl https://ksef.podatki.gov.pl/ponizej-10-000-zl/
  16. ↑Blog Fakturowni – faktury, podatki i KSeF w praktyce https://fakturownia.pl/blog
  17. ↑Fakturownia, „Jak opłacić aplikację mając już konto?”; Ministerstwo Finansów, informacje o środowisku przedprodukcyjnym KSeF. ([pomoc.fakturownia.pl](pomoc.fakturownia.pl https://pomoc.fakturownia.pl/109005-jak-oplacic-aplikacje-majac-juz-konto
  18. ↑Ministerstwo Finansów — Podręcznik KSeF 2.0, część II https://ksef.podatki.gov.pl/media/qzlha3vx/podrecznik-ksef-20-cz-ii-wystawianie-i-otrzymywanie-faktur-w-ksef-20260209.pdf
  19. ↑Ministerstwo Finansów — Faktura ustrukturyzowana i struktura logiczna FA https://ksef.podatki.gov.pl/informacje-ogolne-ksef-20/faktura-ustrukturyzowana-i-struktura-logiczna-fa/
  20. ↑Ministerstwo Finansów, „Tryb offline24”; Fakturownia, „Ustawienia integracji z KSeF”. ([ksef.podatki.gov.pl](ksef.podatki.gov.pl https://ksef.podatki.gov.pl/informacje-ogolne-ksef-20/tryb-offline24/

Ceny i warunki sprawdzone u źródeł: październik 2026.

Stan prawny na: październik 2026.